Quando il seme esce dalla dormienza inizia il processo germinativo, rappresentanto dall'emissione della radichetta e poi del fusticino che si allunga verso la superficie del terreno. La germinazione e la successiva crescita del germoglio sono due processi molto delicati, che dipendono da numerosi fattori interni (ormoni) e ambientali. Infatti a differenza dello stato di quiescenza, la germinazione è un processo irreversibile, poiché se la pianta non riesce a concluderli è destinata a perire. 

Dal punto di vista ecologico e nello studio della dinamica della flora infestante, la germinazione viene definita come la conclusione dello stato di quiescenza e l'inizo della crescita attiva dell'organismo. Tale periodo è fondamentale per le piante spontanee, poiché determina il periodo in cui un individuo svolge il proprio ciclo biologico, occupando una determinata nicchia ecologica adatta alla moltiplicazione della specie (Went, 1954).

Questa fase è molto delicata per le malerbe che si trovano a livelli minimi di risorse e di difese quindi risultano facilmente aggredibili dai disturbi legate alle attività umane. Nella gran parte delle piante lo sviluppo della radichetta è inizialmente più rapido di quella del fusticino, mentre in seguito è quest'ultimo che si allunga più velocemente. Il completo attecchimento della plantula si realizza quando il nuovo individuo, emerso dal terenno, acquisisce le capacità fotosintetiche rendendosi indipendente dalle sostanze di riserva contenute nel seme.

I principali fattori che condizionano la germinazione sono:

• L'acqua: necessaria per l'attivazione dei processi enzimatici e per il trasporto delle sostanze di riserva verso l'embrione
• Temperatura: ogni specie ha particolari esigenze termiche per riuscire a germinare. Si riconosce una temperatura ottimale alla quale corrisponde la germinazione più veloce e due temperature cardinali (min e max) al di fuori delle quali il fenomeno si arresta.
• Luce: la luce regola e stimola il processo germinativo (fotomorfogenesi). Questo fenomeno si verifica dopo l'imbibizione del seme ed è regolata dal un particolare pigmento vegetale detto fitocromo.