Gli agenti eziologici del marciume acido sono lieviti e batteri. Questi ultimi appartenenti soprattutto al genere Acetobacter e in minor misura Gluconobacter. Per quanto riguarda invece i lieviti sono molte le specie a concorrere a tale alterazione, ciascuno con un apporto negativo proprio in termini di danni. Fra i funghi isolati con più frequenza nei mosti derivanti da uve con marciume acido, si citano Hanseniaspora uvarum, Candida stellata, Metshnikowia pulcherrima, Candida krusei e Kloeckera apiculata (Bisiach et al., 1986; Guerzoni & Marchetti, 1987). Ulteriori e più recenti verifiche hanno dimostrato la presenza, occasionale ma determinante, di altre specie tra cui si ricorda Zygosaccharomyces bailii (Loureiro et al., 2004). Nessuno dei microrganismi responsabili del marciume acido è in grado di penetrare attivamente all’interno della bacca, perciò tale malattia è spesso definita come un’alterazione secondaria, che si sviluppa a seguito di precedenti danneggiamenti all’acino (Morando et al., 2014) che abbiano in qualche modo interrotto la soluzione di continuità dell’epidermide (oidio, botrite, tignole, ecc…). Fondamentale per la propagazione dell’infezione la presenza di insetti soprattutto del genere Drosophila spp.